Beqja ishte prej kohësh nën hetim për privatizimin e sterilizimit, hemodializës dhe kontrollit të detyrueshëm shëndetësor (check-up), që ai ka firmosur gjatë detyrës e tij si ministër.

Këto koncesione janë kontestuar në publik për shkak se dyshohet se janë fituar në mënyra të parregullta.

Ai akuzohet se nuk ka parandaluar konfliktin e interesit me biznesmenin Ilir Rrapaj dhe ish- zv.ministrin Klodian Rrjepaj.